同时，有人提出，托管企业与医院双方在利益分配上仍存在问题，占主导地位的医院不忍舍弃药房的巨大利益，而以赢利为生存之本的企业却希望能收益多多，因此，这样的一碗羹该如何分食仍需明确。

　　因此，工研所在调研后提出，政府需要根据各地实际情况，总结出药房托管的成功经验，并上升为国家法规，出台“药房托管管理条例”。“药房托管管理条例”应明确规定药房托管双方的主体资格、权利和义务、托管标的物、托管利益的分割、托管的格式化合同、托管的监督管理部门、违约违纪处罚等。

　　除了政策上的完善，托管企业自身在实践中不断进行革新和调整，也可以促进药房托管模式的完善。例如，获得了南京市92%医院药房托管权的南京医药有限公司，在总结了药房托管经验的基础上，于今年初提出将药房托管业务转为药事管理服务，升级定位为给终端客户提供药事管理服务，为客户提供标准化、专业化、个性化与增值化的药品解决方案和民众健康解决方案。